Loạt chính sách mới: Siết quản lý hóa đơn, thêm ưu đãi doanh nghiệp

Hàng loạt văn bản hướng dẫn và quy định mới được Bộ Tài chính, Cục Thuế, Chính phủ cùng các bộ, ngành ban hành trong tháng 5 và tháng 6/2026 đã bổ sung nhiều chính sách liên quan đến quản lý thuế, ưu đãi doanh nghiệp, hóa đơn điện tử, thuế giá trị gia tăng (VAT), thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT), thuế thu nhập cá nhân (PIT), hải quan và thương mại.

Dưới đây là các quy định và hướng dẫn mới về thuế, hải quan và thương mại được ban hành được cập nhật đến ngày 30/6/2026.

Nhiều quy định mới về quản lý thuế, hóa đơn điện tử, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng và hải quan được ban hành trong tháng 5-6/2026, tác động trực tiếp đến hoạt động của doanh nghiệp và người nộp thuế.

Siết quản lý thuế, hóa đơn điện tử và tăng cường giám sát lĩnh vực rủi ro

Một trong những thay đổi đáng chú ý là Bộ Tài chính ban hành Quyết định số 1272/QĐ-BTC ngày 26/5/2026, sửa đổi và bổ sung 5 thủ tục hành chính trong lĩnh vực quản lý thuế.

Các thủ tục được điều chỉnh chủ yếu liên quan đến kê khai thuế của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, cá nhân cho thuê tài sản, cá nhân làm đại lý và tổ chức khai, nộp thuế thay cho cá nhân. Đồng thời, một số thủ tục trước đây theo Quyết định 844/QĐ-BTC đã được bãi bỏ.

Đối với hóa đơn điện tử, Cục Thuế yêu cầu triển khai xác thực sinh trắc học đối với người đại diện theo pháp luật khi đăng ký hoặc thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử.

Theo hướng dẫn tại Công văn số 3078/CT-NVT, các hệ thống như eTax Mobile và Cổng thông tin hóa đơn điện tử phải được nâng cấp để đáp ứng yêu cầu xác thực này. Người đại diện doanh nghiệp sẽ thực hiện xác thực thông qua ứng dụng eTax Mobile.

Song song với việc hiện đại hóa quản lý thuế, cơ quan thuế cũng tăng cường kiểm soát các lĩnh vực có rủi ro cao về thất thu. Theo Công văn số 3364/CT-KTr, từ tháng 6/2026, các địa phương triển khai rà soát, thanh tra và kiểm tra thuế đối với các cơ sở nha khoa, chăm sóc sức khỏe và dịch vụ thẩm mỹ. Những đơn vị có dấu hiệu rủi ro sẽ được đưa vào diện giám sát chuyên đề hoặc kiểm tra đột xuất.

Ở lĩnh vực giá chuyển nhượng, Việt Nam đã chính thức kích hoạt cơ chế trao đổi tự động báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country-by-Country Report) với 37 quốc gia và vùng lãnh thổ.

Theo hướng dẫn của Cục Thuế, các doanh nghiệp Việt Nam có công ty mẹ tối cao ở nước ngoài sẽ không còn được nộp báo cáo CbC trực tiếp cho cơ quan thuế Việt Nam mà chỉ thực hiện thông qua cơ chế trao đổi thông tin tự động giữa các cơ quan thuế.

Mở rộng ưu đãi thuế, điều chỉnh VAT và tăng chế tài hải quan

Đáng chú ý, doanh nghiệp nhỏ và vừa có vốn đầu tư nước ngoài được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm kể từ lần đầu được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp nếu đáp ứng các tiêu chí theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa và không thuộc các trường hợp bị loại trừ theo quy định.

Các quy định mới về hải quan và quy tắc xuất xứ được kỳ vọng giúp nâng cao hiệu quả quản lý thương mại, đồng thời tạo thuận lợi cho doanh nghiệp tận dụng ưu đãi từ các hiệp định thương mại tự do (FTA).

Ở lĩnh vực thuế giá trị gia tăng, Cục Thuế làm rõ điều kiện thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ và hoàn thuế VAT đối với hàng hóa xuất khẩu. Theo đó, tiền thanh toán phải được chuyển trực tiếp từ tài khoản của bên nhập khẩu sang tài khoản của bên xuất khẩu. Trường hợp doanh nghiệp nhận tiền từ một bên thứ ba tại Việt Nam thay vì từ người mua nước ngoài sẽ không đáp ứng điều kiện hoàn thuế.

Chính sách VAT đối với doanh nghiệp chế xuất cũng được hướng dẫn cụ thể hơn. Doanh nghiệp chế xuất vẫn không thuộc đối tượng nộp VAT đối với hoạt động chế xuất, nhưng nếu thực hiện thêm các hoạt động kinh doanh khác được cấp phép thì phải kê khai và nộp thuế theo quy định. Quy định về loại hóa đơn sử dụng cũng được phân biệt theo phương pháp tính thuế.

Đối với ngành lâm nghiệp, từ ngày 1/1/2026, hoạt động mua bán sản phẩm gỗ rừng trồng chỉ qua sơ chế đơn giản giữa các doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ sẽ thuộc diện không phải kê khai, nộp thuế VAT theo quy định mới.

Ở lĩnh vực thuế thu nhập cá nhân, Cục Thuế hướng dẫn doanh nghiệp kê khai thuế quý II/2026 theo Nghị quyết số 66.16/2026/NQ-CP nhằm tránh kê khai trùng số liệu đã khai trong tháng 4. Doanh nghiệp cũng được phép nộp số thuế phát sinh của tháng 4 cùng thời điểm nộp hồ sơ quý II.

Một hướng dẫn khác cũng đáng lưu ý là việc khấu trừ thuế đối với người lao động thử việc. Nếu sau thời gian thử việc doanh nghiệp ký hợp đồng lao động từ một năm trở lên thì ngay trong thời gian thử việc đã phải khấu trừ thuế theo biểu thuế lũy tiến từng phần. Trường hợp không tiếp tục ký hợp đồng lao động thì áp dụng khấu trừ theo tỷ lệ đối với hợp đồng dưới 3 tháng.

Cơ quan thuế cũng khuyến nghị người nộp thuế chủ động kiểm tra tình trạng tạm hoãn xuất cảnh trên ứng dụng eTax Mobile hoặc cổng dịch vụ công. Theo quy định hiện hành, cá nhân kinh doanh nợ thuế từ 50 triệu đồng quá 120 ngày hoặc người đại diện pháp luật doanh nghiệp nợ từ 500 triệu đồng quá thời hạn này có thể bị tạm hoãn xuất cảnh.

Ở lĩnh vực hải quan, Nghị định số 169/2026/NĐ-CP sẽ có hiệu lực từ ngày 1/7/2026, thay thế Nghị định 128/2020/NĐ-CP. Nghị định mới bổ sung nhiều quy định về chứng cứ vi phạm, xử phạt trên môi trường điện tử, xử lý khai sai mã HS, thuế suất, bổ sung thẩm quyền xử phạt và mở rộng nhiều hành vi vi phạm mới.

Bên cạnh đó, Bộ Công Thương cũng cập nhật quy tắc xuất xứ hàng hóa theo Hiệp định EVFTA để phù hợp với hệ thống mã HS 2022; ban hành quy định mới về truy xuất nguồn gốc đối với nhiều nhóm hàng hóa có rủi ro cao; đồng thời Chính phủ phê duyệt chủ trương sửa đổi một số luật về thương mại, cạnh tranh, quản lý ngoại thương và bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng nhằm tiếp tục đơn giản hóa thủ tục hành chính và tháo gỡ các vướng mắc pháp lý cho hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Ngoài ra, các cơ quan chức năng cũng tăng cường kiểm soát hàng giả, hàng xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ tại cửa khẩu, mở rộng phạm vi kiểm tra đối với hàng hóa thương mại điện tử, chuyển phát nhanh và hàng quá cảnh. Đây được xem là bước đi nhằm nâng cao hiệu quả quản lý thương mại trong giai đoạn mới.